常熟的佛教从何时传入，一时尚未见确凿的记载。吴地于三国东吴赤乌时代（238-251）即有佛教传入的记录，如苏州之建有通元寺，有史可稽。常熟梅李则有吉祥庵，一名赤乌古刹，传为东吴时所建。其后，东晋著名佛教学者支遁，出家后从河南来吴地建立佛寺，弘扬佛法。支遁在吴县曾隐居支硎山（一名报恩山），并以支硎为号。后又流寓来常熟创立双凤寺（当时双凤寺地属南沙，南沙即今常熟,双凤现己划入太仓市境,毗邻常熟）。并时访梅李友人，清夜露坐论道。以后邑志载有此事。南朝历代统治者及一般文人学士大都崇信佛教。佛教在中国分裂时期的南方大为发展，到梁武帝（502-549）时期达到了全盛阶段。梁武帝萧衍即位的第三年，即甲申天监三年（504）四月初八日，皇帝亲自率领僧俗二万人在重云殿重阁制文发愿归佛，以表达他对佛教的信仰，以后陆续建造了一批寺院，举办许多斋会，并曾四次舍身于同泰寺为寺奴，然后由群臣奉赎回宫。他的长子萧统、第三子简文帝萧纲、第七子元帝萧绎也都笃好佛教，因此，佛教在南方大为兴盛。据传齐代有寺院2015所，僧尼32500人；梁代有寺院2846所，僧尼82700余人之多。在佛教这样空前兴盛的大环境里，常熟境内，许多佛寺也纷纷建立起来。

　　常熟早期的著名寺院，大多建于萧梁。其中兴福寺、三峰寺两大名刹，著称遐迩。历代典籍，多有记述，一千五百年来香火不绝。现在史籍留有记载的还有慧日寺、宝岩寺、东灵寺、天宁尼寺、齐乐尼寺、白雀寺、大慈教寺、顶山禅院、瑞石庵、延福禅院、永庆教寺、妙清教寺等，都是此一历史时期所建立起来的佛教活动场所。

　　唐宋以后，常熟又陆续建立了一批寺院尼庵，其中较著名而且一直保持到清末乃至民国的，如智林教寺、增福禅院、长寿庵、千佛庵、褒亲寺、法城庵、法华庵、最胜庵、东塔寺、胜法寺、法林禅院、天台寺、妙清寺、法华寺、钟楼寺、白衣庵、长寿庵、贞节庵、金李庵、普仁寺、小云栖寺、维摩寺、藏海寺、蕊香庵、光明庵、高林庵、天龙庵、福顺寺、接待寺、福城寺、大悲殿等等，遍布于全县城乡各地。清末民初统计有305处之多。至民国12年，常熟尚有寺宇92所、庵堂38所，僧尼共1700余人。五十年代初，大批寺庵被废，城乡僧尼仅存160多人。文化大革命中，常熟所有佛教活动场所无一不受到巨大冲击，具有悠久历史的著名伽蓝亦绝无幸免。三峰寺、宝岩寺、白衣庵等均被彻底拆毁，荡然无存；兴福寺、维摩寺也仅余空屋，佛像碑幢悉数毁弃，刹竿倒地，比丘被逐，佛教一切活动都被迫停止。
　　
　　八十年代初，常熟的佛教活动重新开始恢复。十余年来，且有不断发展。

　　常熟一地由于佛寺众多，历代名僧辈出。如破山兴福寺，自唐五代至宋，先后有怀述、常达、彦偁、晤恩四高僧名垂后世。怀述，字体如，唐武宗（841-846）灭法时被汰，大中（847-860）间仍复僧衣。常达，字文举，俗姓顾，游学江淮诸胜寺，专讲南山律钞，复通老庄百家言，善书。咸通（860-874）中位破山寺凡十五年，合掌而逝。彦偁，邑龚氏子，五代朱梁（907-923）时住破山兴福寺，戒行清苦。曾夜登阁，有虎中失，咆哮伏地，为拔之，虎暝目舐血而去。该寺至今仍留有救虎阁古迹。晤恩，字修已，俗姓路，年十三出家于兴福寺，后至江浙各地。雍熙三年（986）为弟子说法时端坐而化，其弘扬法华大旨，贡献颇多。此四高僧均为本地人士。宋高僧传及其后吴地释传、地方志书中历有记载。至今常熟兴福寺内仍有四高僧殿，时在其内举行各种佛事活动。山门外寺路一侧，尚有当年四高僧墓古迹。

　　吴越王钱弘俶于后周显德初（954-959）效阿育王故事，历时多年，铸造八万四千座小铜塔，中纳《宝箧印陀罗尼经》印刷卷子，颁布于境内，流传至各地。常熟也有此物流入。明代发现以后即送至兴福寺供奉。僧德清为撰《吴越忠懿国王造铜阿育王舍利塔记》。刻石两块，幸存至今，已成为兴福寺镇山之宝，为识者珍惜。

　　明末有高僧汉月法藏（1573-1635），是禅宗临济一系的大师，开法于常熟三峰清凉禅寺，门徒极盛。以后清初禅宗，临济的天童、磬山和曹洞的寿昌、云门两个派系相对峙。汉月在三峰开法，《五宗源》一书引出与天童派的纷争，在清初影响巨大。汉月塔铭由董其昌作，黄宗羲补，熊开元为道行碑。他的后继者有十二大弟子，其中以杭州灵隐的具德弘礼和苏州灵岩的继起弘储最著。弘礼门下的硕揆原志，弘储门下的蘖庵正志，后来都成为主持常熟三峰寺的名僧。

　　名清易代之际，颇有一些士大夫由儒入释，遁迹空门，其间当然有着时代和个人的原因。例如武林名士徐继恩（1597-1670），原为仁和郭氏之子，国变后遁入空门为僧，法名正岩，号豁堂禅师。他有很好的文学修养，工书善诗，能绘山水，笔意苍秀，与王士祯、吴绮等名士都有诗文交。往继汉月、梵伊、顶目、大树、千华诸禅师之后，为常熟三峰清凉禅寺住持。

　　湖广熊开元（1599-1676）明天启乙丑进士，历任吴江、崇明知县，擢吏科给谏，因劾首辅周延儒被廷杖一百，遣戍杭州。弘光元年（1645）闰六月，唐王韦键在福州即皇位，改元隆武。熊开元荐授工科左给事中，当月入闽到任，累迁随征东阁学士。隆武二年（1646）八月，进为文渊阁大学士。后知事不所为，乃去职削发为僧，法名正志，号蘖庵。曾在灵岩寺弘储门下，后又来常熟三峰寺三年，圆寂后塔在该寺。著有《诸方语录》、《蘖庵别录》、《渔山剩稿》。他是汉月法藏之后该寺第九位住持，且与汉月早有交往。后来又成为汉月的再传弟子。常熟著名学者钱陆灿（1612-1698）投其门下学习内典，为蘖庵禅师入室弟子，受其记别，字为铁牛。蘖庵自号石人，赠以偈云：“石人坐，铁牛卧，寂寂空岩花乱堕；石人鼓，铁牛舞，古调锵然无定谱”。师弟相契若此。蘖庵圆寂后，行状即为钱陆灿撰写。

　　后主三峰清凉禅寺者颇多名僧。他们都跟当时一些著名士大夫、学者交往，本身也多工诗书，善绘事。如硕揆原志（1628-1697）号借巢，盐城孙氏子。手刃父仇后于顺冶庚寅（1650）投海州佛陀寺出家。嗣法杭州灵隐具德弘礼门下，为汉月法藏再传弟子。康熙壬子（1672）主三峰，辛酉主灵隐，己巳（1689）圣祖南巡，应对称旨，赐御笔“云林禅寺”匾额。住灵隐凡十二年。癸酉（1693）再主三峰，直至圆寂，赐谥净慧禅师。硕揆与王译弘、翁叔元、钱陆灿等当时名流皆有交往，严虞崞、沈近思等学者都曾投其门下问学，而以后成为显宦。禅师著《七会语录》、《借巢诗集》等行世。其塔即门人沈近思后为吏部侍郎左都御史太子少傅清恪公为报师恩所建，在三峰寺后九里坡北之中峰禅院，翁叔元作铭，钱陆烂为行状。